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PASSIA wurde 1987 gegründet und ist eine unabhängige und unparteiische Organisation die durch wissenschaftliche Forschung, Dialog und Veröffentlichungen das Verständnis für palästinensische Anliegen und Ereignisse in Gegenwart und Vergangenheit fördert. Das Institut erarbeitet konstruktive Lösungsansätze zur Zukunft Jerusalems und des Friedensprozesses. In Zusammenarbeit mit der FES hat PASSIA verschiedene Publikationen publiziert und durch Briefings, Runde Tische und Workshops PASSIA den internationalen Dialog im In- und Ausland gefördert.

Das IPPC wurde 1998 als Ausbildungsstätte in Jerusalem gegründet und befasst sich mit der Rolle Jerusalem im Nahostkonflikt. Die Arbeit des IPPC versucht Szenarien für Jerusalem als lebenswerte und offene Hauptstadt für alle Bewohner zu entwickeln. Die FES arbeitet mit IPPC im Jerusalem-Berlin Forum zusammen, welches den Internationalen Dialog fördern und durch die gemeinsame Erfahrungen verschiedener Experten und Stadtplaner aus der geteilten Stadt Jerusalem und dem ehemals geteilten Berlin, politische Lösungen entwickeln soll.

HDIP wurde 1989 von einer Gruppe von Ärzten gegründet um Gesundheits- und Entwicklungsinitiativen in den Palästinensischen Autonomiegebieten voranzutreiben. Mittlerweile ist die Gruppe auch aktiv an der Demokratieförderung beteiligt. HDIP versucht langfristig die notwendige Grundlage für eine demokratische und nachhaltige Zivilgesellschaft zu schaffen. Die FES-Partnerschaft mit HDIP konzentriert sich vor allem Jugendliche ins politische Geschehen miteinzubeziehen. Diese Arbeit ist integraler Bestandteil der Arbeit der FES eine Zivilgesellschaft zu schaffen.

1998 gründeten Journalisten und Wissenschaftler das JMCC um Informationen zu den Palästinensischen Autonomiegebieten zu Verfügung zu stellen. Langfristig versucht das JMCC durch die Medien, Forschung und Meinungsumfragen, genaue und verläßliche Information anzubieten. Die Zusammenarbeit zwischen der FES und JMCC resultierte bisher in Meinungsumfragen zur Einschätzung der Demokratie und der Regierung in den Palästinensischen Autonomiebehörden. Diese Arbeit schafft die Grundlagen für politische Veränderungen, um eine starke Zivilgesellschaft zu ermöglichen.

Das IPP wurde von einer Gruppe von Politik-Analysten ins Leben gerufen, um einen oeffentlichen Diskurs zu politisch relevanten Themen zu initiieren. Seit 2007 unterstützt die FES IPP bei der Herausgabe des Magazins Seyasat (arabisch für "Politik"), das ein Forum für wissenschatliche Analysen und politische Kommentare zur Lage in den Palästinensergebieten bietet. Im Fokus stehen Regierungsentscheidungen und Gesetzgebungsverfahren, Akteure der Zivilgesellschaft, politische Parteien und der Privatsektor.

Der pal. Gewerkschaftsdachverband "PGFTU" wurde 1965 als Nachfolgeorganisation der Arab Labours Society gegruendet. Sie ist die international anerkannte pal. Gewerkschaftsvertretung und seit 2001 auch Vollmitglied der international Confederation of Free Trade Unions (ICFTU). Die Zusammenarbeit zwischen FES und PGFTU zielt vor allem auf eine interne Reform ab.